为进一步发挥重大片区、重大项目指挥部在加快建设“五大发展”示范中的作用，按照“科学决策、指挥有力、高效运作、精简精干”原则，市委、市政府下发《关于进一步调整市级重大片区、重大项目指挥部运行机制的通知》（厦委〔2017〕37号），对全市建设指挥部进行梳理整合，调整优化指挥部布局设置、职责职能、人员配置以及项目决策授权、招商引资机制等。

《通知》决定扩大集美新城指挥部协调范围，包含原集美新城核心区、厦门北站片区、软件园三期、集美文教片区、机械工业集中区等5个片区，撤销厦门北站指挥部、软件园三期指挥部、集美文教片区指挥部、机械工业集中区开发建设指挥部，撤销市清淤办，所属集美新城区域的清淤项目，职责划归集美新城指挥部；明确指挥部主要职能为片区规划，项目建设决策、协调、推进，征地拆迁，产业布局及招商；同时规范内部机构设置，原则设置“一室五部”，即办公室、规划建设部、征地拆迁部、产业招商部、督查审计部、安全保障部。